Trước đó, ngày 30/4/2023, một toa tàu của đoàn tàu số 3, thuộc tuyến metro số 1 (Bến Thành - Suối Tiên) đậu ở depot Long Bình bị vẽ bậy với các hình sơn dạng graffiti (phong cách đường phố).
Từ khi phát hiện vào lúc 04g30 ngày 30/4/2023, Ban QLĐSĐT cùng nhà thầu HITACHI và Công ty bảo vệ Thái Long (thầu phụ của nhà thầu Hitachi) đã báo cáo Công An Thành phố Thủ Đức, xem xét, kiểm tra hiện trường, truy xuất camera vào cùng ngày. Trong ngày 1/5 Ban QLĐSĐT đã chỉ đạo nhà thầu HTC dùng dung môi để tẩy rửa và đến sáng sớm ngày 2/5/2023, Nhà thầu đã khắc phục hoàn toàn các toa tàu bị vẽ bậy, các đoàn tàu đã sạch sẽ, trở lại nguyên trạng ban đầu.
 Cũng trong ngày 02/5/2023, Lãnh đạo Ban Quản lý Đường sắt đô thị, lãnh đạo Công An Thành phố Thủ Đức, Tư vấn và nhà thầu Hitachi đã họp chính thức để phối hợp điều tra vụ việc và hướng dẫn các giải pháp tăng cường an ninh, an toàn hơn nữa cho Khu vực Depot trong thời gian tới.
 Hiện nay, các đoàn tàu đang được đậu tại depot Long Bình, là khu vực quản lý của nhà thầu Hitachi và gói thầu hiện cũng chưa được bàn giao nên việc quản lý tài sản thuộc trách nhiệm của nhà thầu Hitachi.
 Ban Quản lý Đường sắt đô thị và nhà thầu sẽ phối hợp với Công An Thành phố Thủ Đức để điều tra kỹ lưỡng về vụ việc vẽ bậy tàu lần này để có biện pháp với những cá nhân có hành động sai trái với tài sản của một trong những dự án trọng điểm của Thành phố và quốc gia.